Come affermato dallo stesso autore, Angel Heart rappresenta un sequel alternativo di City Hunter, cioè ambientato in un futuro parallelo. Non è quindi da considerarsi un sequel vero e proprio, ma più uno spin-off.
In City Hunter si narrano le vicende dell'infallibile giustiziere Ryo Saeba e della sua "mascolina" assistente Kaori Makimura.
Dopo la conclusione di City Hunter, Angel Heart si apre con la morte di Kaori avvenuta per un incidente stradale, mentre stava andando a scattare la foto di nozze con Ryo. Essendo donatrice di organi, il cuore di Kaori viene espiantanto, ma nel trasporto viene trafugato e trapiantato in una ragazza, una killer professionista di nome Glass Heart, la quale aveva cercato di suicidarsi inorridita e stanca della sua vita da killer.
Una volta avvenuto il suo risveglio, guidata da sogni premonitori e da Kaori si ritroverà a Tokyo ad incontrare Ryo Saeba, più maturo, sulla quarantina e un pochino meno allupato di come Hojo ci aveva abituati in City Hunter, ma sempre a caccia di Mokkori.
Nel manga si ritrovano vecchie conoscenze che hanno reso celebre City Hunter: la bellissima ispettrice di polizia di Tokyo Saeko Nogami e l'eterno rivale sweepermercenario "Umibozu" Falcon; manca però la sua spalla/fidanzata Miki, rimpiazzata da una figlia adottiva con lo stesso nome.
Con lo snodarsi della trama, Hōjō suggerisce che gli avvenimenti di Angel Heart si svolgano in un universo parallelo rispetto a quello del succitato prequel: nei numerosi flashback si scopre infatti che le modalità con cui Ryo e Kaori si sono conosciuti sono molto differenti ed inoltre cambiano i rapporti che legavano i personaggi in City Hunter.
